I laghi rappresentano due ambientti umidi richhi di biodiversità che si differenziano rispetto al resto del territorio

Il Parco dei Castelli Romani è caratterizzato prevalentemente da ambienti boscosi, a prevalenza di castagno, di bassa media collina.

Tuttavia, due elementi si differenziano da questa apparente omogeneità: i due laghi. Si tratta, effettivamente, di due “isole” di biodiversità che, grazie all'elemento prevalente, cioè l'acqua, si differenziano per la presenza di altre associazioni vegetali rispetto ai territori circostanti. Vi sono, lungo le coste, boschetti ripariali più o meno continui costituiti da ontani, pioppi e salici e una localizzata presenza di cannucce di palude e di giunchi.
Gli ambienti sommersi, ovviamente, possiedono una loro unicità e garantiscono lo sviluppo di ecosistemi del tutto distinti da quelli terrestri.

Gradualmente, allontanandosi dagli specchi lacustri e salendo lungo le sponde scoscese delle due conche vulcaniche, le differenze vanno attenuandosi e, così, si possono ritrovare, frammisti ad elementi più amanti dell'umidità del suolo, gli elementi tipici del resto del Parco, come castagni, aceri e querce.

In questo tipo di ambienti umidi, di conseguenza, vigono condizioni tali da favorire la presenza di specie animali ecologicamente adattate e, a loro volta, differenziate da quelle di bosco e di prato. Occorre considerare, inoltre, che le superfici dei due laghi si trovano entrambe ad una quota sul livello del mare piuttosto bassa, intorno ai 300 m. circa. Pertanto, le condizioni climatiche sono più favorevoli alle specie cosiddette “termofile” piuttosto che a quelle tipiche di ambienti freddi e/o secchi.

Esaminando le specie animali presenti nei due laghi, pertanto, si deve evidenziare la presenza stanziale oppure solo invernale di uccelli acquatici ovviamente assenti nel resto dei 15.000 ettari che costituiscono l'estensione totale del Parco; svernano, presso il lago di Nemi, limitati contingenti di morette e moriglioni (tipiche anatre tuffatrici), svassi piccoli, tuffetti, così come i cormorani e, occasionalmente, anche fischioni e morette tabaccate. Minori le presenze di specie dell'avifauna tipicamente acquatica in estate: germani reali in prevalenza, con qualche coppia di gallinelle d'acqua. Decisamente minore, invece, la varietà presso il lago Albano di Castel Gandolfo. La conformazione particolare del fondo dei laghi in prossimità delle coste, in realtà, non aiuta lo sviluppo di quella vegetazione acquatica sommersa appetita dalla maggior parte degli uccelli acquatici; infatti, in ragione della origine vulcanica dei due laghi, la profondità delle acque aumenta repentinamente già a partire dai primi metri dalla riva e, così, resta molto limitato il raggio di azione per reperire il cibo. Diversa è la situazione per le specie dell'avifauna pescivore, come il cormorano o lo svasso maggiore, per i quali tale condizione è meno importante.

Tra le specie di piccoli passeriformi, vi sono alcuni uccelli tipici del canneto costiero che si possono individuare solo con lunghe e pazienti sessioni di osservazione, oppure riconoscendone l'inconfondibile canto; è il caso dell'usignolo di fiume, del cannareccione e della cannaiola comune, fra gli altri.

Gli ambienti acquatici, inoltre, rappresentano il luogo ideale per alcune specie di anfibi. Nei nostri laghi, infatti, non è raro individuare, nel periodo tardo invernale e primaverile, lunghi cordoni di uova di rospo e piccoli girini nelle basse acque costiere oppure esemplari di rane verdi. Altre specie di anfibi, invece, preferiscono frequentare acque più ferme e nascoste, come cunicoli e fontanili; pertanto, trovarle nei laghi risulta meno comune o non possibile. La Natrice del collare, serpente con spiccate abitudini acquatiche, è il rettile più affine a questi ambienti. Si tratta di una specie autoctona e, in questo, differisce dall'altro rettile comune nei nostri laghi che, però, è una specie introdotta dissennatamente dall'uomo: si tratta della testuggine palustre americana.

Infine, per quanto riguarda gli animali tipicamente acquatici, cioè i pesci, risulta molto difficile riferirsi ad una condizione naturale in quanto questo gruppo è stato progressivamente stravolto dalle introduzioni di specie esotiche e dalla pesca, ivi compresa la pratica nota come carp-fishing (basata anche sulla pasturazione artificiale con grandi quantità di sostanza organica per attirare i pesci all'amo). In parte, hanno giocato un ruolo negativo anche le condizioni di eutrofizzazione legate alla incontrollata immissione di sostanze nutrienti; tali condizioni hanno probabilmente agito direttamente sullo stato della vegetazione sommersa e, di conseguenza, anche sul sistema ecologico nel quale sono pienamente coinvolti i pesci dulciacquicoli. In ultimo, l'estirpazione della vegetazione sommersa e di quella ripariale, hanno influito ulteriormente. Pertanto, ad oggi, nei nostri laghi sono presenti molte specie non tipiche di queste nostre zone ma, piuttosto, una quantità di pesci, come ad esempio le carpe, del tutto estranei.